Рядом со станцией «Харьковская» было построено ответвление тоннелей в сторону озера Вырлица, большую часть озера планировали засыпать для возможности постройки депо. Тоннели сейчас находятся в заброшенном состоянии.
Станция открылась 4 марта 2006 года. Название «Вырлица» получила от озера, которое расположено рядом со станцией.
Тоннели метро были прокопаны еще в начале 90-х годов, рядом от станции действовал пункт технического обслуживания.
Сначала роль станции видели в роли эвакуационной платформы на случай непредвиденных ситуаций.
После официального открытия станции в результате дождей ее часто затапливало. Летом 2006 во время сильного ливня случилась авария, которая привела к остановке и временному закрытию станции и эвакуации пассажиров.