История возникновения монастыря начинается с XI века, в то время тут было древнее языческое капище. Первые упоминание об этом месте можно встретить в Киевской летописи 1362 года, ее и приняли за дату основания Бакотского монастыря.
Монахи жили в пещерах до XV века, в 1434 они его покинули. До XIX века он был в заброшенном виде.
В 1996 году произошел серьезный обвал который разрушил значительную часть пещер и построек. В данный момент открыто несколько монашеских келий и часть подземной церкви.